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Mundialmente, povos indígenas apresentam elevada carga de doença, expressa por profundas iniquidades em saúde na comparação com os não-indígenas. Neste estudo, descreve-se a mortalidade Guarani no Sul e Sudeste do Brasil, com foco nas iniquidades em saúde. A estrutura populacional Guarani expressa elevada natalidade, mortalidade precoce e baixa idade mediana e esperança de vida ao nascer. A taxa de mortalidade bruta (TM bruta = 5,0/1.000) se assemelha à nacional, mas a TM 5 anos (44,5/1.000) e a taxa de mortalidade infantil (29,6/1.000) são duas vezes maiores que as TM correspondentes nas regiões Sul e Sudeste. A proporção de óbitos infantis pós-neonatais foi de 83,3%, 2,4 vezes maior que a população geral. As proporções de causas mal definidas (15,8%) e de evitáveis pelos serviços de saúde (51,6%) foram elevadas. As principais causas de morte foram as respiratórias (40,6%) e as infecciosas e parasitárias (18,8%), sugerindo precárias condições de vida e de organização dos serviços de saúde. Há necessidade de maiores investimentos na atenção primária e em intervenções sobre os determinantes sociais da saúde, a fim de reduzir as iniquidades reveladas.