ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA

Os recursos computacionais se tornaram essenciais para o desenvolvimento de projetos genoma. Vários sistemas distribuídos que gerenciam estruturas complexas e que integram interfaces gráficas voltadas para o usuário, processamento e mineração de grandes quantidades de dados e bancos de dados volumosos, foram propostos. A maioria dos laboratórios de seqüenciamento já consolidados desenvolveu soluções próprias. Entretanto, um sistema portável e escalonável, integrando todos esses aspectos, ainda não está disponível para a comunidade científica. Neste estudo, apresentamos um protótipo de tal sistema em curso de desenvolvimento aberto em http://sourceforge.net/projects/ askgene. Este sistema permite (i) acessibilidade aos dados e processos ao longo de todo o fluxo de dados, (ii) representação de dados e ontologia, (iii) manejo do fluxo de processamento (workflow), (iv) arquitetura e documentação do sistema, (v) desenvolvimento corporativo, anotação manual, (vii) processamento de dados corrompidos, (viii) distribuição e paralelização de processos, (ix) portabilidade e escalonabilidade.