Introdução: As infecções relacionadas à assistência à saúde são consideradas um grave problema de saúde pública. No cuidado com o recém-nascido internado em Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN), a dieta, quando contaminada por microrganismos patógenos, pode ser um dos veículos de transmissão de infecções. Objetivo: Comparar a qualidade microbiológica e o custo da dieta ofertada em seringas e em frascos pelo lactário para administração via enteral aos pacientes internados em UTIN. Métodos: Realizou-se um estudo experimental exploratório in loco, entre janeiro e maio de 2019, com análise microbiológica de 72 amostras de dietas enterais e de leite humano ordenhado pasteurizado (LHOP) distribuídas em seringas e frascos. Os parâmetros microbiológicos utilizados foram baseados nas Resoluções da Diretoria Colegiada no63/2000 e nº171/2006. A análise também abrangeu a qualidade microbiológica da água utilizada na reconstituição da dieta enteral, o swab de mãos e orofaringe dos manipuladores, de superfície como bancadas e equipamentos, de utensílios, e a qualidade do ar das áreas de preparo das dietas. Foram definidos os pontos críticos de controle dos fluxogramas de manipulação das dietas estudadas. Resultados: Verificou-se nas amostras de dietas enterais coliformes a 35ºC e microrganismos aeróbios mesófilos além dos padrões estabelecido, em ambas as modalidades de administração da dieta (frasco e seringa), em dois dias (lotes) de coleta. Observou-se ausência de microrganismos do grupo coliforme nas amostras de LHOP. O custo com a distribuição da dieta em frasco foi maior em relação ao uso da seringa. Conclusões: Verificou-se que a qualidade microbiológica das dietas envasadas e distribuídas em seringas foi mais segura em relação as que foram distribuídas por frascos.Além disso, o uso da seringa teve menor custo e tempo de infusão da dieta.