A vacina contra o 4vHPV foi introduzida no Programa Nacional de Imunizações em 2014, com vacinação em escolas e unidades de saúde. Dados sobre a implementação do programa de vacinação contra o HPV nas escolas, no Brasil são escassos. Este estudo transversal e exploratório buscou compreender melhor as ações de vacinação contra o HPV e as barreiras para a implementação da vacinação escolar nos municípios do Estado de São Paulo, no período de 2015 a 2018, sob a ótica dos responsáveis pela realização das ações. Em novembro de 2018, foi enviado um questionário aos grupos regionais de vigilância estaduais para ser respondido pelos responsáveis pelas ações de vacinação nos municípios. O questionário continha seis questões abertas sobre as ações de vacinação contra o HPV realizadas pelos municípios no período de 2015 a 2018, incluindo se a vacinação escolar havia sido implementada ou não, uma descrição do programa, as barreiras para implementá-lo, como o programa foi avaliado e os planos do município para o programa de vacinação contra o HPV nos próximos anos. Dos 645 municípios, 233 (36,1%) responderam ao questionário. A maioria deles implementou ações de educação ou vacinação nas escolas. As barreiras relatadas foram escassez de recursos humanos em saúde, preocupações da equipe de educação com a vacinação nas escolas, e alunos e pais não familiarizados com a vacinação contra o HPV. Aumentar a conscientização sobre a doença e a prevenção do HPV entre alunos e pais, garantir recursos humanos adequados e construir uma parceria robusta entre os setores de saúde e educação são essenciais para um programa de vacinação escolar bem-sucedido.