Este estudo aborda a coocorrência de malária e doença de Chagas nos municípios da Amazônia, região caracterizada por diversidade geográfica e climática e por transformações socioeconômicas e ambientais. O objetivo do estudo foi identificar os fatores relacionados à coocorrência de malária e doença de Chagas na Amazônia Brasileira no período entre 2015 e 2019. A análise explorou 19 indicadores ambientais e dois socioeconômicos relacionados à perda de habitat, ao uso e cobertura da terra, às anomalias climáticas e ao índice de pobreza multidimensional. A modelagem foi realizada por Árvores de Regressão com Inferência Condicional, ajustando modelos com e sem variáveis contextuais, para mapear áreas de provável coocorrência das doenças. A incidência de malária predomina na Amazônia ocidental, enquanto a doença de Chagas apresenta maior concentração em áreas do Pará e partes do Amazonas e Acre. Municípios com alta cobertura de vegetação nativa mostraram maiores incidências de malária, mas não necessariamente de Chagas. Municípios com cobertura vegetal nativa e áreas de pastagem apresentaram uma heterogeneidade na incidência das doenças, com alguns apresentando alta incidência de ambas. A análise preditiva passou de 1 para 7 o número de municípios com alta incidência esperada de malária (média) e doença de Chagas (alta) em comparação com os dados observados. As análises indicam áreas com risco de média e alta incidência de ambas as doenças, cobrindo uma região maior do que a observada no período. Alternativas de vigilância compartilhada e a integração de programas para identificação de casos e tratamento podem ser um caminho para otimização de recursos e busca pela erradicação desses agravos na região.