Este artigo descreve o processo de desenho e as características de um questionário e uma diretriz de observação intradomiciliar desenvolvida para avaliar, tanto transversal quanto longitudinalmente, a relação moradia-vizinhança-saúde no âmbito das transformações urbanas realizadas em populações de alta vulnerabilidade sócio-territorial. Os instrumentos foram desenvolvidos para o estudo longitudinal multimétodo RUCAS (Regeneração Urbana, Qualidade de Vida e Saúde), uma experiência natural destinada a avaliar a relação moradia-vizinhança-saúde e o impacto na saúde de um programa de regeneração habitacional em dois conjuntos habitacionais sociais no Chile. A concepção dos instrumentos seguiu quatro etapas principais: (1) revisão narrativa da literatura para definir as dimensões do estudo, e dos instrumentos existentes para identificar itens apropriados para a medição; (2) validação do conteúdo com especialistas; (3) pré-teste; e (4) estudo piloto. O questionário resultante, composto de 262 itens, leva em conta diferentes estágios do ciclo de vida e questões de gênero. A diretriz de observação intradomiciliar (77 itens) é aplicada pelo entrevistador. Os instrumentos abordam (i) características da situação atual da moradia que são conhecidas por afetar a saúde e serão intervencionadas pelo programa; (ii) dimensões da saúde potencialmente afetadas pela moradia e/ou pela intervenção dentro do prazo do estudo (4 anos); (iii) outras condições de saúde e relacionadas à saúde que são relevantes, mesmo que não sejam modificadas dentro do prazo do estudo; e (iv) dimensões sócioeconômicas, ocupacionais e demográficas relevantes. Os instrumentos projetados demonstraram ser uma ferramenta capaz de abordar a multidimensionalidade dos processos de transformação urbana em contextos de pobreza urbana na habitação formal.