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Os comportamentos do estilo de vida merecem ser explorados com maior profundidade no contexto da multimorbidade de doenças crônicas não transmissíveis (DCNT). O estudo teve como objetivo investigar a associação entre multimorbidade e indicadores de atividade física e comportamento sedentário em uma população brasileira representativa (n = 52.929). Foi realizado um inquérito transversal (VIGITEL) em 2013, nas 27 Unidades Federativas. O desfecho foi a multimorbidade, definida como a presença simultânea de ≥ 2 DCNT, e as variáveis de exposição foram atividade física (nos domínios de deslocamento para trabalho/estudo, doméstico, lazer e trabalho) e comportamento sedentário (tempo de televisão 2 horas/dia versus ≥ 2 horas/dia). Foram utilizados modelos de regressão Poisson e logística multivariada (odds ratio - OR), estratificados por idade, e os respectivos intervalos de 95% de confiança, com nível de significância de 5%. Entre 37.947 adultos, a presença de três doenças crônicas era menos frequente nos indivíduos ativos no domínio do trabalho (OR = 0,60) e mais frequente naqueles com maior tempo de televisão por dia (OR = 1,25). A presença de quatro doenças era menos frequente em indivíduos ativos nos domínios de deslocamento (OR = 0,52) e trabalho (OR = 0,42). Entre 14.982 idosos, a presença de duas, três ou quatro doenças crônicas era mais frequente entre aqueles como maior tempo de televisão por dia (OR = 1,33; 1,55 e 1,93, respectivamente). Finalmente, as interações entre o nível total de atividade física e tempo de televisão mostraram ser estatisticamente significativas na ocorrência da multimorbidade em ambos os grupos etários. Atividade física e comportamento sedentário estão associados com a multimorbidade e devem ser considerados fatores independentes na promoção da saúde e no tratamento dos pacientes com multimorbidade.