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Os vírus dengue (DEN) apresentam propriedades antigênicas distintas que caracterizam quatro sorotipos denominados DEN-1, 2, 3 e 4. Desde a década de 70, evidências laboratoriais têm demonstrado a ocorrência de variação intratípica entre os vírus DEN; entretanto, somente com o avanço das metodologias moleculares foi possível estabelecer variantes genéticas para cada sorotipo. A identificação genotípica tem sido uma importante abordagem para determinar a origem e a dispersão de epidemias e para tentar estabelecer correlação de virulência entre as variantes dos vírus DEN. Neste trabalho, apresentamos resultados obtidos através de estudos de epidemiologia molecular realizados com amostras de vírus DEN-1 e DEN-2, que causaram epidemias no Brasil, na última década.